RNA-seq脚本备份

 hisat2-build建立索引

hisat2-build ./data/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.dna_rm.toplevel.fa ./data/yeast_ref


hisat2将read比对到参参考基因组由于sam格式的文本文件过大，一般将其转换为bam格式的文件

hisat2 -x ./data/yeast_ref -U ./data/SRR1916152.fastq | samtools view -bS -| samtools sort - -o ./data/EV_3.bam

hisat2 -x ./data/yeast_ref -U ./data/SRR1916153.fastq | samtools view -bS -| samtools sort - -o ./data/EV_4.bam

hisat2 -x ./data/yeast_ref -U ./data/SRR1916154.fastq | samtools view -bS -| samtools sort - -o ./data/DNMT3B_2.bam

hisat2 -x ./data/yeast_ref -U ./data/SRR1916155.fastq | samtools view -bS -| samtools sort - -o ./data/DNMT3B_3.bam

hisat2 -x ./data/yeast_ref -U ./data/SRR1916156.fastq | samtools view -bS -| samtools sort - -o ./data/DNMT3B_4.bam


建立bam文件的索引

samtools index ./data/EV_3.bam

samtools index ./data/EV_4.bam

samtools index ./data/DNMT3B_2.bam

samtools index ./data/DNMT3B_3.bam

samtools index ./data/DNMT3B_4.bam


安装HTSeq软件，计算每个基因中reads的数目

htseq-count -f bam -r pos ./data/EV_3.bam ./data/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.106.gtf > ./data/EV_3.count.tab &

htseq-count -f bam -r pos ./data/EV_4.bam ./data/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.106.gtf > ./data/EV_4.count.tab &

htseq-count -f bam -r pos ./DNMT3B_2.bam ./data/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.106.gtf > ./data/DNMT3B_2.bam.count.tab &

htseq-count -f bam -r pos ./DNMT3B_3.bam ./data/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.106.gtf > ./data/DNMT3B_3.bam.count.tab &

htseq-count -f bam -r pos ./DNMT3B_4.bam ./data/Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.106.gtf > ./data/DNMT3B_4.bamcount.tab &


统计比对信息

samtools flagstat ./data/EV_3.bam


使用samtools tview查看比对信息

samtools tview ./data/EV_3.bam


测序质量

fastqc ./data/SRR1916152.fastq -o ./data

fastqc ./data/*.fastq -o ./data


去除Shell脚本的\r字符：

sed -i 's/\r//' one-more.sh

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